Das habe ich auch bei einigen Keimlingen beobachtet, die aber definitiv nicht zu wenig Sauerstoff oder zu viel Wasser hatten. Für mich sieht das so aus, als ob die Wurzelspitzen schon im Samen infiziert waren (Bakterien?). Wenn die Wurzel nicht im Wasser schwimmt, kann sie aber evtl. schneller wachsen als die Infektion sich verbreitet. Das war dieses Jahr bei einer meiner dann interessantesten Pflanzen der Fall!
Ich lasse meine Samen auf feuchtem Perlite in belüfteten Plastikdosen keimen und vereinzele sie direkt nach dem Keimen in (Pinkel-)Bechern mit Bodenlöchern mit Perlite. Perlite ist super gegen Substratschimmel, faulende Samen und Trauermückenlarven!