Das Argument mit der Gleichzeitigkeit kann ich nicht ganz nachvollziehen, ich hab auch fast jedes Jahr ein paar Paprika mit Blütenendfäule, immer zu Saisonanfang, also gleichzeitig.
Wobei: abfaulen tun die nicht, die bleiben hängen, die betroffenen Stellen breiten sich zwar etwas aus, aber nicht auf die gesamte Frucht. Es sieht aber nur die Frucht oben rechts nach Blütenendfäule aus, so richtig schwarze Stellen hatte ich nie. Kann sich natürlich um eine Pilzerkrankung handeln, bei zu hoher Luftfeuchtigkeit kann's schon mal zu sowas kommen.
Wobei: dass nur die Paprika befallen sind, die Chilis nicht würde wieder auf Blütenendfäule hindeuten, die tritt vorwiegend bei großfrüchtigen Sorten auf.
Pilzerkrankungen sind prinzipiell schwer zu behandeln, die fruchtgängigen Mittel wirken zwar, die will ich aber nicht auf (in) meinen Pflanzen haben, Kupferbasierende Mittel wirken hauptsächlich vorbeugend (Cuproxat z.B.). Ich würde mir einen Calcium-Blattdünger besorgen, und auf Blütenendfäule hoffen.
Eine Frage hab ich noch: Du hast doch in Pflanzenerde angebaut oder? Da sollte dann die Calciumversorgung sichergestellt sein, Blütenendfäule kann natürlich auch durch generellen Calciummangel ausgelöst werden. Wenn Du z.B. in reinem Kompost angebaut hast, wäre es denkbar, dass das Substrat schon zu wenig Calcium mitbringt, und zusätzlich der hohe Kaliumgehalt den Stoffwechsel stört...
) zeigt sich die Blütenendfäule als wässrige, weiche, braune Stellen unter der Haut. Der Paprika oben rechts sieht wie ein Musterexemplar davon aus. 
