Durch das erste öffnen ist der pasteurisier-artige Einkocheffekt bei dir verschwunden. Mit dem kurzen erhitzen wolltest du bestimmt bakterien abtöten, was bestimmt auch funktioniert hat (zumindest teilweise).
Für die Methode könnte natürlich sprechen, das du sie in Essig eingelegt hast. Das saure milieu macht natürlich den Mitbewohner das leben schwer und oben drauf gabs noch mal nen extra Luftabschluß mit Öl.
Habe zwar noch nie Chillis eingelegt, aber schon div. Früchte in Korn/Vodka/Rum. Und dort habe ich schon öffters Farbveränderungen in Richtung braun gehabt.