Nur von vergammelndem Holz holt man sich keine Krautfäule an die Pflanzen, nur dann wenn das Holz vorher mit befallenen Pflanzen bzw. den Krankheitserregern in Berührung kam.
Desinfizieren schadet sicher nicht, aber wichtig ist das vor allen Dingen bei allem was wieder mit den Pflanzen in Berührung kommt (Stäbe, Töpfe). Da reicht aber auch abwaschen mit richtig heißem Wasser.
Die Erde kannst Du austauschen, musst Du aber nicht, so lange Du beim Gießen darauf achtest, dass die Blätter keine Spritzer abbekommen. Deshalb benutzen manche eingegrabene Töpfe oder umgedrehte PE-Flaschen im Boden als Gießhilfe und die unteren Blätter an den Tomaten werden entfernt.
Ein Fungizig lohnt für 3 Pflanzen wirklich nicht.
Versuch einfach mal, ob Du die Pflanzen durch bekommst, wenn Du konsequent alles Befallene entfernst. Und nächstes Jahr würde ich die Tomaten einfach nur unter einem Dach anbauen und nicht im GWH, da ist die Belüftung kein Problem und regengeschützt sind sie trotzdem.
Eventuell - aber wirklich nur als verzweifelter Hilfsversuch und ohne Garantie, dass es ausreichend wirkt - könntest Du nach dem Entfernen der kranken Blätter und Triebe die Blätter mit einer 20 %igen
Lebermoos-Lösung einsprühen, um dem Erreger die Wiederansiedelung zu erschweren. Aber ob es wirklich reicht ist ein Lotteriespiel. Lebermoos benutzt man eher zur Vorbeugung bei Mehltau & Co. Lebermoosextrakt gibt es in allen Geschäften, die Hobbythekprodukte vertreiben, muss man also nicht für teuer Geld schicken lassen.
Was die Samtfleckenkrankheit angeht, die Chili Chris anspricht, kann ich Dir leider keine Hoffnung machen. Bei der wäre der Pilzrasen nur an der Blattunterseite und die Blattoberseite hätte nur gelbe Flecken. So sieht das bei Dir leider nicht aus.