Carl von Linné, der Begründer der modernen Taxonomie, beschrieb 1753 in seinem Werk Species Plantarum die Gattung Capsicum erstmals systematisch und unterteilte sie in zwei Arten: Capsicum annuum, welches die bekanntesten Sorten wie Paprika und Jalapeños umfasst, und Capsicum frutescens, zu der unter anderem die Tabasco-Pflanze zählt. Diese Einteilung war eine der ersten Versuche, die immense Vielfalt der Chili-Pflanzen zu ordnen.

Im Laufe der Zeit erkannten Botaniker, dass die von Linné gewählte Einteilung nicht ausreichte, um die gesamte Vielfalt der Capsicum-Arten abzudecken. Der deutsche Botaniker Michel-Félix Dunal beschrieb 1852 in seiner umfassenden Monographie der Gattung Capsicum viele neue Arten und Varietäten, darunter Capsicum chinense, bekannt für die extrem scharfen Habaneros, und Capsicum baccatum, welches vor allem in Südamerika verbreitet ist. Diese detaillierten Beschreibungen ermöglichten eine differenziertere Klassifikation der verschiedenen Chili-Arten, die später jedoch teilweise wieder zusammengefasst wurden.

In den folgenden Jahrhunderten trugen viele Wissenschaftler zur Verfeinerung der botanischen Klassifikation von Capsicum bei. Beispielsweise wurde Capsicum chinense, das von Dunal als eigenständige Art erkannt wurde, von späteren Forschern wie Heiser und Pickersgill als nah verwandt mit Capsicum frutescens angesehen. Diese beiden Arten wurden aufgrund ihrer morphologischen und genetischen Ähnlichkeiten lange Zeit zusammengefasst, bevor sich die moderne Wissenschaft durchsetzte, die ihre Unterschiede anerkannte und sie wieder als eigenständige Arten klassifizierte.

Heute werden fünf Hauptarten kultiviert, die weltweit wirtschaftliche Bedeutung haben: Capsicum annuum, Capsicum frutescens, Capsicum chinense, Capsicum baccatum und Capsicum pubescens. Diese fünf Arten umfassen die meisten der kommerziell angebauten Chili- und Paprikasorten. Capsicum annuum, die am weitesten verbreitete Art, ist bekannt für ihre große Vielfalt an Sorten, von milden Paprikas bis hin zu scharfen Chilis wie Cayenne. Capsicum frutescens wird vor allem für die Herstellung von scharfen Soßen, wie der berühmten Tabasco-Soße, genutzt. Capsicum chinense ist für einige der schärfsten Chilis der Welt verantwortlich, darunter die Habanero und die Carolina Reaper. Capsicum baccatum ist besonders in Südamerika von Bedeutung, wo sie traditionell in der peruanischen Küche verwendet wird, während Capsicum pubescens, mit der Rocoto als bekanntester Vertreter, in den kühleren Hochlagen der Anden gedeiht.

Neben diesen kultivierten Arten gibt es eine Vielzahl von Wildarten, die hauptsächlich in den tropischen und subtropischen Regionen Mittel- und Südamerikas vorkommen. Diese Wildarten sind oft weniger bekannt, spielen aber eine wichtige Rolle in der Erhaltung der genetischen Vielfalt und sind für die Forschung von großem Interesse. Sie bieten eine wertvolle Quelle für die Züchtung neuer Sorten und die Verbesserung der Resistenz gegen Krankheiten und Schädlinge.

Die Geschichte der botanischen Einteilung der Capsicum-Arten zeigt, wie die Wissenschaft über Jahrhunderte hinweg bestrebt war, die enorme Vielfalt dieser Pflanzengattung zu erfassen und zu ordnen. Trotz der Fortschritte in der Klassifikation bleibt die Erforschung von Capsicum eine dynamische und sich ständig weiterentwickelnde Disziplin.